In Shinobido: Way of The Ninja wordt de regio dit keer niet bedreigd door monsters, tovenaars of mythische wezens, dit keer is de regio waar Utaka woonde verwoest en overgenomen door een duistere ninja clan en het is aan jou om samen met Utaka deze ninja clan weg te jagen en te zorgen dat iedereen weer in vrede kan leven. Utaka weet zich helemaal niks meer te herinneren van wat er gebeurt was of wie hij is, maar hij weet wel dat hij de gewelddadige ninja's weg moet jagen om weer in rust te kunnen leven. Dit doe je doormiddel van het voltooien van missies, waarbij je ongezien ergens binnen moet komen of simpelweg alles wat beweegt in mootjes moet hakken.
