Soul Eater is gebaseerd op de gelijknamige serie Soul Eater. Deze serie vindt plaats in een school voor zogeheten 'weapon meisters'. De leerlingen van deze school zijn op zoek naar negenennegentig kwade mensenzielen, waarvan er één toebehoort aan een heks. Het doel hiervan is om uiteindelijk iets te kunnen maken dat 'Death Scythe' genaamd is.
