In Syphon Filter: Logan`s Shadow zitten een hoop vernieuwingen. Zo kun je onderwater vechten, kan je vanachter obstakels je tegenstanders onder vuur nemen en tevens gebruikt de game de Havoc-engine voor zeer realistische psychics. Het verhaal begint met de kaping van de USS Mt. St. Helens in de Indische Oceaan. Enkele Somalische piraten hebben de controle genomen over het schip en aan jou de taak om alles weer recht te zetten. Je krijgt echter met nog een groot probleem te maken, want je vermoedt dat je partner, Lian Xing, een double agent is en samenzweert met de vijand.
