The Swapper is een puzzel- en platformspel waarin je probeert van een ruimtestation af te komen. Hiervoor moet je echter in het station op onderzoek gaan naar diverse orbs om verder te komen. De gameplay berust grotendeels op het klonen van jezelf. Jij kunt tussen verschillende klonen wisselen en ze gebruiken om de lastige puzzels op te lossen. Verder zijn er diverse kleuren licht die voor problemen zorgen; in blauw verlichte kamers kun je bijvoorbeeld niet klonen en in rood verlichte gedeeltes kun je niet wisselen.