Het verhaal van Red Alert 3 begint met het ombrengen van Albert Einstein door de Sovjets in het jaar 1927, met behulp van een tijdmachine. Met de dood van de natuurkundige heeft WOII nooit plaatsgevonden en wordt de atoombom nooit uitgevonden. Dat geeft de Sovjets een voorsprong in de race om werelddominatie in de jaren 50 van de vorige eeuw. Het uitblijven van WOII is duidelijk een voordeel voor de Sovjets, maar het heeft ook een nieuwe factie in het zadel geholpen. Japan zal ten strijde trekken om de wereld te overheersen. Daarnaast zijn er uiteraard ook de geallieerden, die inmiddels de macht over Europa kwijt zijn, op Engeland na. De campagne ontvouwt zich via live action filmpjes waarvoor EA voor elke factie één of meerdere 'babes of war' ingehuurd heeft. Het verhaal komt zoals je gewend bent met de nodige plotwendingen. Elke campagne geeft je stapsgewijs een groter wapenarsenaal van de betreffende factie om je missie te volbrengen. Daarnaast is de volledige campagne als co-op uit te spelen via internet. Ook is er de mogelijkheid om gewone online games en uiteraard een skirmish-modus spelen.
