In Harvest Moon:Tree of Tranquility is de Harvest Tree, de bron van leven op Waffle Island, gestorven. Was deze boom gewoon te oud geworden of is er iets anders verantwoordelijk voor haar dood? Wat ook de reden is, het gevolg is dat alle regenbogen samen met de elfjes-achtige Harvest Sprites uit het land zijn verdwenen. Aan jou de taak om ze terug te halen, de boom tot nieuw leven te wekken en het eiland weer vruchtbaar te maken.br />Als de game begint, begint ook jouw leven op Waffle Island. Net als in vorige Harvest Moon-spellen moet je een boerderij beheren en gewassen planten om – afhankelijk van het seizoen - fruit, groente, bloemen en kruiden te oogsten. Voor een succesvol boerenbedrijf moet je een goede balans vinden tussen kosten, verkoopprijzen, aantal oogsten en de groeiduur van de verschillende soorten producten. Voor extra inkomsten kun je gaan vissen of grondstoffen verzamelen. In de loop van het spel kun je vriendschappen sluiten, je boerderij uitbouwen of trouwen en een gezinnetje stichten.
