Prince of Persia: Warrior Within begint zeven jaar na de gebeurtenissen uit The Sands of Time. De Prins wordt opgejaagd door de Dahaka, de bewaker van de tijdslijn. In The Sands of Time kwam de Prins namelijk in aanraking met de gelijknamige Sands of Time en nu moet hij sterven. De Dahaka is op pad gestuurd om te zorgen dat de Prins zijn lot niet ontsnapt. De Prins zoekt hulp bij een oude, wijze man en leert dat er een speciaal eiland bestaat, het Island of Time. Daar zijn de Sands of Time gemaakt en heerst de Empress of Time. Dankzij deze informatie besluit de Prins om naar het eiland af te reizen en te voorkomen dat de Sands of Time gemaakt worden. Een duister en spannend avontuur staat je te wachten, vol met actie, acrobatiek en reizen door de tijd, terwijl je altijd op je hoede moet zijn voor de Dahaka.