Freeport City, enkele jaren na het incident uit de originele SiN. Elexis Sinclaire is terug en zij is nog steeds niet veel goeds van plan. John R. Blade is er gelukkig ook nog en hij strijdt met zijn HardCoprs politiemacht nog altijd tegen SinTek en haar welhaast demonische directrice. Ook JC is terug en het duo wordt versterkt door de net uit de opleiding gekomen Jessica Cannon. Haar hulp is hard nodig, want de dreiging van de mutanten die als bijproduct van SinTek zijn ontstaan, wordt steeds groter...SiN Episodes is de eerste game die het episodic content introduceert: een game die als kleine afleveringen elke paar maanden uitgebreid wordt, zoals er van een televisieserie ook regelmatig een aflevering verschijnt, in tegenstelling tot normale games, die als een soort film eens in de paar jaar een release zien.
