Blue Dragon speelt zich af in een mystieke wereld. Shu, Kluke en Jiro leven in een dorpje dat jaarlijks bedreigd wordt door boze krachten. Dikke paarse wolken pakken zich samen boven hun huizen en een mysterieuze "Land Shark" maakt het gebied met de grond gelijk. Deze Land Shark is niks anders dan een gigantische vin die de grond doorklieft en daarbij alles en iedereen meeneemt. Onze drie jonge helden verzinnen een plan om het terreur te stoppen en de Land Shark te vernietigen. Ze raken echter verzeild in een groot web van intriges, plotwisselingen en kwade krachten. Zo ontdekken ze dat de Land Shark helemaal geen dier is, maar een robot, die bestuurd wordt vanuit een gigantisch luchtschip. Daar zit Nene, een kwaad man die ieder jaar verantwoordelijk is voor al het ongeluk. Op hun reis om Nene te stoppen ontdekken Shu, Kluke en Jiro vele nieuwe gebieden, die net als hen ieder jaar worden aangevallen door zo'n Land Shark.
