Het verhaal van Fracture speelt zich af tijdens een periode van wereldwijde ecologische en seismologische chaos in de 22e eeuw, waarin de Verenigde Staten in tweeën is verdeeld door de "Great Flood". Beide helften zijn volledig op zichzelf aangewezen in deze strijd. Het Oosten staat bekend als de Atlantic Alliance, als symbool voor hun verbond met Europa, en gelooft in overleven door cybernetics. De andere kant van het overstroomde continent, het Westerse deel van de VS, is omgedoopt tot de Republic of Pacifica en heeft zich verenigd met Azië. De leiders van dit gebied denken te overleven door effectief het DNA van inwoners te herstructureren, een methode die door de Atlantic Alliance wordt verafschuwd.
In het jaar 2161 geeft de nieuw aangestelde president de opdracht om een aanval uit te voeren in het centrum van het Pacifisch gebied: midden in de droogstaande San Francisco Bay. Deze aanval leidt tot het ondenkbare: een extreem conflict met wereldwijde betrekkingen wordt uitgevochten op Amerikaans grondgebied. Een soldaat die voorop gaat in de strijd is Mason Briggs, een expert met explosieven en wapens waarmee elk terrein volledig veranderd kan worden. Briggs verwoest niet alleen al het land dat hij tegenkomt, hij verandert het eveneens om er strategisch voordeel mee te behalen. Hierdoor zal Fracture een volledige 'unscripted' opzet krijgen.
Wetenschappers hebben nieuwe wapens ontwikkeld om het land volledig te deformeren en deze wapens worden door Briggs maar al te graag ingezet om het gebied strategisch te veranderen. Zo is er de tectonische granaat, waarmee grond omhoog geschoten wordt om zo nieuwe gebieden toegankelijk te maken. Daarnaast heb je een vortex granaat, waarmee een tornado-effect gecreëerd kan worden. Altijd handig als je omringd wordt door vijanden. Ten slotte is er ook nog een alternatieve aanval mogelijk met je rocket launcher, waarmee je extreme kraters kunt veroorzaken dankzij subsonische stralen.
Naast al deze extreme wapens, waarmee je als speler dingen kunt doen die voorheen ondenkbaar waren, strijden er aan elke kant van het conflict nog soldaten. De genetisch sterkere soldaten van de Pacific forces aan de ene kant tegen de Atlantic Alliance soldaten, zoals Briggs, die met een meer 'traditionele' methode strijden dankzij cybernetics. Deze verschillende bovenmenselijke aanpakken resulteren in een tactische strijd om het conflict op te lossen.
